在扩建朝阳新城与转移京城人口的同时，朱由校让顺天府尹与大兴、宛平两县对京城内外城进行了一番卫生大整改，除了之前整改道路时修建的公厕与垃圾回收除外，还将那些茅草房、多年形成的垃圾堆、臭水沟进行了重点整治，同时号召全民灭鼠。

朱由校可是深知崇祯朝时期，整个大明北方连续爆发了多场大鼠疫的，尤其是在崇祯十四到十六年的京城大瘟疫，几乎让京城死去了一半人口。

与此同时，朱由校还让五成兵马司成立专门的卫生队，一方面专司京城的卫生打扫工作，一方面负责京城卫生的监督工作，另外还负责京城各处公共澡堂的管理与维护。

为此，还专门颁发了大明第一部《公共卫生管理条例》，让卫生队能够有法可依。

城市卫生的改善，光靠卫生队的打扫与监管是不够的，朱由校还让《大明时报》重复刊登了太医院关于城市卫生影响身体健康的文章，同时还让东厂去找说书先生到处宣扬此事。

只有让百姓主观意识到不讲卫生的危害，以及讲卫生的好处，他们才会主动去响应朝廷的号召，并且监督与要求其他人，并最终起到事半功倍的效果。

与此同时，借着卫生整改的机会，朱由校让顺天府及周边的宣府、保定府、永平府、天津府与河间府禁止乱砍滥伐，通过保护京城周边植被，来改善京畿的空气与水土流失。

同时，考虑到宣府地盘小、人口少，而大同府地盘又过于庞大，将原先属于大同府的蔚州划给了宣府，而广昌县则划给了保定府。

现在大明是皇权与官僚士绅的天下，乱砍乱伐严重的现象，一是百姓需要廉价的木料来充当燃料，另一个则是没有环境保护的意识。

当皇帝与官员们重视起来后，环境保护不说能起到立竿见影的效果，但起码能做到止住乱砍乱伐，而做到这点的前提，则是有取代木材的燃料，而这正是京畿附近所不缺的，东边的永平府有丰厚的煤层，西边的西山与太行山脉也同样有着十分庞大的煤炭储量，只要解决了开发与运输问题，价格会直线下降，能做到让每一个百姓消费得起。