危急关头琪朵还没有忘记自己的身份，想着这个大发现要是能够发出去，到时候自己说不定还能混个博士头衔也说不定。

就在小智等人寻找皮卡丘遇到危机的时候，皮卡丘那边也醒过来了，虽然和梦幻一起玩耍很是开心，但是祂更想立刻回到小智的身边。

在梦幻数次挽留之后，甚至带着皮卡丘和喵喵来到一个充满各种反重力的管道一样的地方玩耍过，皮卡丘依然向梦幻告别了，因为祂得知了小智已经进入了世界初始之树内部。

经历过了千难万险之后小智和皮卡丘终于再度相见，但是现在小智并没有一点高兴的感觉，因为前面为了躲避三圣柱的攻击他和小刚几人分散了。

刚刚和皮卡丘相遇琪朵就带来了很不好的消息，小瑶和小胜以及小刚都被世界初始之树吞噬了，自己的同伴们都遇到了生命危机这又怎么让小智能够开心呢！

可是现在小智并没有任何办法去拯救同伴们，因为三圣柱再次堵住了前进的路，后方更有无数的白细胞穷追不舍。

一个不察之下小智被白细胞包裹住了，没想到自己才刚刚和皮卡丘相遇就要死去，还没有救出自己的同伴们，自己还没有完成自己的梦想成为宝可梦大师，但是现在一切全都已经来不及了。

在被吞噬的最后一刻小智扔出了自己的所有精灵球，放出了森林蜥蜴和小小象以及大王燕和龙虾小兵祂们，和大家告别之后小智被白细胞吞噬了。

看着只剩下一顶帽子丢在原地，皮卡丘祂们完全无法忍受心中的悲痛，泪水不断的流淌着，而一边的小瑶和小刚两人最后时刻放出来的宝可梦们也一直在默默的流泪。

看着伤心欲绝的皮卡丘祂们，梦幻捡起了小智掉落的帽子交给了皮卡丘，希望自己刚认识的这个朋友不再伤心。

“皮卡皮！”

可是小智都已经不在了，一顶帽子对皮卡丘来说没有任何的意义，祂不停的流着泪大声呼喊着试图唤回小智。

看着皮卡丘和一众宝可梦悲伤的样子，又看了看那个让自己眼熟的人类消失的地方，梦幻下了一个决心。

飞到了一颗水晶旁边梦幻把手放在了上面，一道充满生机的翠绿色能量瞬间传遍了整颗世界初始之树，祂违背了世界初始之树的自然运转，释放出了被吞噬的“细菌”们。