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在卫所里，有个叫王二麻子的小兵，本就是顶替了自己哥哥的名额来当兵吃饷的，听闻要清查军户，吓得魂飞魄散。他私下里找着平日里相好的几个兄弟，商量对策。王二麻子哭丧着脸说：“哥几个，这可咋办呀，我这要是被查出来，非得被军法处置不可，你们可得帮我想想办法啊。”其中一个年长些的士兵摇摇头，说道：“二麻子，你这当初就不该干这事儿啊，如今朝廷要严查，咱能有啥办法，我看你还是趁早主动去跟大人坦白，说不定还能从轻发落呢。”王二麻子一听，把头摇得像拨浪鼓似的，说道：“那哪成啊，我可不敢，万一被重罚，我这条小命可就没了。”
就在他们商量之时，负责清查的官兵已经来到了他们营房。王二麻子躲在角落里，吓得浑身发抖，可还是被官兵发现了。官兵看着他，问道：“你，叫什么名字？为何见了本官如此慌张？”王二麻子结结巴巴地说：“大……大人，我……我叫王二麻子啊，我……我没慌张呀。”官兵起了疑心，拿出军户名册一对，发现名册上并没有他的名字，当下便喝道：“好你个冒名顶替的家伙，竟敢欺骗朝廷，来人啊，给我拿下！”王二麻子还想挣扎，可哪里敌得过官兵，很快就被绑了起来，押去见指挥使了。
指挥使看着被押来的王二麻子，怒斥道：“你这胆大妄为的小子，竟敢顶替军户名额，骗取军饷，可知这是何罪？”王二麻子跪地求饶，哭着说：“大人，小的知错了，小的家里穷，实在没办法才出此下策啊，还望大人饶命啊。”指挥使冷哼一声，说道：“军法无情，你既犯了错，就得承担后果，先关起来，待清查完所有军户后，一并处置！”
随着清查的深入，越来越多的问题被暴露出来，不仅有冒名顶替的，还有些将官故意隐瞒军户逃亡情况，私吞军饷的。指挥使一一记录在案，准备严惩这些违法乱纪之人。
而在整顿操练方面，也遇到了不小的阻力。士兵们平日里懒散惯了，突然要早起训练，叫苦不迭。有个士兵嘟囔着：“这以前也没这么严啊，如今这又是何苦呢，天天累得要死，还不如以前自在呢。”这话被负责训练的百户听到了，他呵斥道：“你这懒骨头，如今朝廷下令整顿卫所，就是要让咱们恢复军威，若是外敌来袭，就凭你们这副样子，能守得住应天府吗？都给我好好训练，再敢偷懒，军棍伺候！”
在这严格的训练之下，士兵们虽然怨声载道，可也渐渐有了些军人的样子，队列整齐了，武艺也有了些长进。
同时，对于军备器械的更新，指挥使也在积极筹措。可这需要大量的银子，朝廷拨付的款项有限，还得想其他办法。指挥使召集了应天府的一些富商和乡绅，向他们说明了情况，希望他们能捐款资助。
起初，那些富商和乡绅们都不太乐意，毕竟这是花钱的事儿，谁也不想掏腰包。可指挥使晓之以理，动之以情，说道：“诸位，如今这卫所关乎着应天府的安危，若是卫所破败，外敌来袭，你们的钱财再多，又岂能保得住？如今咱们齐心协力，把卫所整顿好了，往后大家都能过上安稳日子呀。”在指挥使的劝说下，终于有几位有远见的富商站了出来，愿意出资相助。
就这样，经过数月的努力，应天府的卫所整顿事宜初见成效。军户清查完毕，冒名顶替、逃亡等情况得到了遏制；士兵们训练有素，军备器械也焕然一新。整个卫所焕发出了新的生机与活力，指挥使看着这一切，心中满是欣慰，觉得这一番辛苦总算没有白费。