塞琉古六世取得了胜利，他的叔叔则失去了性命。

根据三世纪历史学家尤西比乌斯（Eusebius）的说法，他是自杀的，而根据一世纪历史学家约瑟夫斯（Josephus）的记载，他是被处决的。

不久之后，塞琉古六世（Seleucus VI）进入了首都。

克利奥帕特拉·塞勒涅（Cleopatra Selene）可能在他到达前逃离了。

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在塞琉古纪年144年（公元前169/168年），安条克四世·埃皮法尼斯（Antiochus IV Epiphanes）允许十九座城市以自己的名义铸造青铜市政货币，这表明他意识到了城市与君主之间相互依存的关系。

这种趋向更大自主权的趋势继续发展，城市们在自己的货币上添加了“神圣且自治”的字样，试图从中央权力中解放出来。

塞琉古六世没有延续其先辈的政策。

在其统治期间，西里西亚的自治权并未得到授予。

显然，塞琉古六世不接受西里西亚城市政治地位的任何变更。

塞琉古六世控制了西里西亚和叙利亚塞琉西斯（Syria Seleucis，即北叙利亚）地区。

安条克九世·西兹塞努斯（Antiochus IX Cyzicenus）有一个儿子——安条克十世（Antiochus X）。

根据历史学家约瑟夫斯（Josephus）的记载，安条克十世逃往阿拉杜斯（Aradus）并在该地自立为王。

塞琉古六世试图杀死这个堂弟兼对手，但刺杀计划失败，而安条克十世则与克利奥帕特拉·塞勒涅（Cleopatra Selene）成婚以提升自己的地位。

考古学家阿尔弗雷德·贝林格（Alfred Bellinger）认为，塞琉古六世在埃莱乌萨（Elaiussa）为即将到来的与安条克十世的战争做准备。

在公元前94年，安条克十世进攻了首都安条克（Antioch），将塞琉古六世驱逐出北叙利亚，迫使其逃往基利家。

根据尤西比乌斯（Eusebius）的记载，最终战役发生在摩普修斯提亚（Mopsuestia）附近，结果以塞琉古六世的失败告终。

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战败的塞琉古六世在摩普苏提亚（Mopsuestia）寻求庇护，并试图再次向居民征税，这引发了暴动并导致他的死亡。

他的去世年份并不清楚，历史学家众说纷纭。