当托勒密九世返回埃及时，埃及南部自公元前91年以来一直处于埃及叛军的控制之下。

托勒密九世在公元前88年11月派遣了一支由将军海拉克斯（Hierax）指挥的大军向南进发。

底比斯（Thebes）很快被重新夺回并遭到严重的洗劫。

托勒密王朝的控制恢复至菲莱（Philae），但在叛乱期间由梅罗埃王国（kingdom of Meroe）控制的下努比亚（Lower Nubia）并未重新夺回。

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在被亚历山大驱逐后，托勒密十世曾试图入侵塞浦路斯并重新夺回控制权，但在尝试中被杀。

在死之前，他曾向罗马共和国（Roman Republic）借了一笔大额贷款，并为此写下遗嘱，将他的王国遗赠给罗马。

虽然罗马人最终没有选择利用这一点，但罗马干预的可能性始终笼罩着托勒密九世的整个统治，迫使他在与罗马人打交道时采取了极为顺从的姿态。

公元前86年，一支由卢库卢斯（Lucullus）指挥的罗马舰队抵达亚历山大，寻求对抗本都（Pontus）的米特里达梯六世（Mithridates VI）财政和军事支持，罗马正与米特里达梯六世进行第一次米特里达梯战争（First Mithridatic War，公元前89-84年）。

托勒密九世盛大地招待了卢库卢斯，但并未提供任何物质支持。

这很可能部分由于当时混乱的政治局势——罗马的战争努力由苏拉（Sulla）领导，但他已被卢修斯·科尔内利乌斯·辛纳（Lucius Cornelius Cinna）领导的罗马政府宣布为公敌。

此外，米特里达梯六世还设法抓住了托勒密的儿子们，他们自公元前103年以来一直在科斯岛（Cos）上。

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公元前81年8月5日，托勒密九世任命他的女儿贝伦尼基三世（Berenice III）为共治王，贝伦尼基三世曾是托勒密十世的妻子和共治王。

一些资料声称托勒密九世在其第二次登基的公元前88年便已将贝伦尼基三世任命为共治王，但所有文献证据表明，托勒密九世直到公元前81年才开始与她共同统治。

托勒密九世很快去世，可能是在同年的12月，留下贝伦尼基三世独自继承王位。

在几个月的单独统治后，她的表亲托勒密十一世（Ptolemy XI）被立为共治王。

随后，贝伦尼基三世被暗杀，而托勒密十一世也被杀害。

最终，托勒密十二世（Ptolemy XII）——托勒密九世的另一个孩子，继承了王位。