他使用了一款叫做“STRING”的工具，这是一种常用于基因相互作用网络分析的数据库，它可以帮助研究人员找出基因之间的相互作用。

随着陈飞的操作，一个复杂的基因网络图逐渐出现在屏幕上。

那些差异表达显著的基因位于网络的中心，周围则是与它们相关的其他基因。陈飞的目光在网络中游走，寻找那些与癌症密切相关的基因。

发现关键基因：TP53

陈飞的眼睛亮了起来，网络的中心有一个熟悉的基因：TP53。

这个基因被称为“基因组的守护者”，它是人体内最重要的抑癌基因之一。当TP53发生突变时，细胞就会失去抑制癌变的能力，从而导致肿瘤的形成。

“没错，TP53果然是肝细胞癌的关键。”陈飞自言自语道，“它的突变可能是推动癌症发展的主要原因之一。”

他将TP53作为核心节点，进一步分析了它的下游调控基因。

通过这次分析，陈飞得出了一个完整的基因调控网络图，展示了TP53在肝细胞癌中的作用，以及它如何通过调控其他基因，推动癌症的发展。

第五步：验证和发表文章

实验思路逐渐成型，接下来就是如何把这个思路撰写成文章并发表。

陈飞深知，任何实验都需要通过验证和同行评议，才能被科学界接受。

他决定将这篇文章的核心思路和实验结果汇总，写一篇论文。

文章会详细描述如何通过RNA-seq数据、随机化采样、差异表达基因分析以及基因调控网络的构建，找出肝细胞癌的关键基因，并将TP53突变作为核心推论提出。

“这篇文章，一定能成功。”他笑着对自己说道。

夜已深，陈飞依旧伏案工作。RNA、肝细胞癌、TP53……这些关键词不断在他的脑海中闪现。此刻，他仿佛回到了孟德尔那个时代——一个科学家在默默无闻中坚持着自己的研究，等待着真理的闪耀。