经过多次激战，左宗棠成功地化解了衢州之围，并转守为攻，连下多城。1863年，清军攻占绍兴，1864年，又攻克杭州，浙江全境复为清廷所得。左宗棠因战功卓着，获加封太子少保、赏黄马褂，后又被授恪靖侯。

就在左宗棠在浙江战场取得辉煌胜利的同时，中国的西北边疆却陷入了严重的危机之中。

1864年，新疆地区各族人民爆发了大规模的反清起义，这场起义迅速蔓延至新疆各地，使新疆陷入了割据纷争的局面。

1865年，中亚浩罕汗国的军事头目阿古柏趁新疆内乱之际，率武装力量入侵新疆。在短短两年内，阿古柏的势力便基本控制了整个南疆地区。

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1866年，左宗棠出任陕甘总督，他肩负起了平定陕甘地区回民起义和抵御外敌入侵的重任。在陕甘地区，左宗棠面临着复杂的局势和严峻的挑战。

一方面，陕甘地区的回民起义此起彼伏，给当地的社会稳定和人民生活带来了极大的破坏；另一方面，阿古柏的势力不断扩张，对中国的西北边疆构成了严重的威胁。

为了平定陕甘地区的回民起义，左宗棠采取了“剿抚并举”的策略。他在军事上对回民起义军进行了坚决的打击，同时也积极开展招抚工作，争取回民起义军的归顺。经过多年的艰苦战斗，左宗棠终于成功地平定了陕甘地区的回民起义，为他进军新疆创造了有利的条件。

1867年，阿古柏在南疆地区自立为汗，建立了“哲德莎尔国”，公然分裂中国领土。

1870年，阿古柏的势力进一步扩至北疆部分地区，中国的西北边疆面临着前所未有的危机。沙俄趁火打劫，进犯伊犁地区，并公然宣布对伊犁实行“军事占领”。

沙俄与阿古柏签订了“俄阿条约”，承认“哲德莎尔国”的合法地位，妄图通过支持阿古柏来达到分裂中国的目的。

1874年，英国也与阿古柏签订了“英阿条约”，承认“哲德莎尔国”，并向阿古柏提供武器和军事援助。在这种情况下，中国的西北边疆岌岌可危，新疆的局势已经到了非解决不可的地步。

1875年，清廷内部就新疆问题展开了激烈的争论。以李鸿章为代表的“海防派”认为，中国的主要威胁来自海上，应该集中力量加强海防，而新疆地处偏远，土地贫瘠，收复新疆不仅耗费巨大，而且得不偿失，因此主张放弃新疆。

而以左宗棠为代表的“塞防派”则坚决反对这一观点，他们认为新疆是中国的西北门户，战略地位十分重要，如果放弃新疆，不仅会使中国的领土完整受到严重损害，还会使中国的西北边疆陷入更加危险的境地。

左宗棠力陈新疆的战略重要性，他指出：“重新疆者所以保蒙古，保蒙古者所以卫京师。西北臂指相联，形势完整，自无隙可乘。若新疆不固，则蒙部不安，匪特陕、甘、山西各边时虞侵轶，防不胜防，即直北关山，亦将无晏眠之日。”

他的这一观点得到了慈禧太后的支持。慈禧下达了“三十年不准参奏左宗棠”的指令，这一指令给予了左宗棠极大的支持和信任，使其能在相对稳定的环境下筹备和实施收复新疆的军事行动。并任命他为钦差大臣，督办新疆军务。